1. Mettre le script R dans le dossier de séquences à renommer
2. Lancer la fonction file_rename (lignes 2-5)
3. Lancer lignes 7-8
4. Une fois que les séquences sont regroupées par projet dans un dossier, setwd("Dossier1")
5. Lancer ligne 11
6. Pour passer au dossier projet suivant : setwd("../Dossier2")
7. Lancer ligne 11

Pour le calcul des stats avec seqkit, on récupère l'exécutable windows puis :

.\seqkit.exe stats (Get-ChildItem -Filter *.fastq.gz | ForEach-Object { $_.FullName }) --all --basename --tabular --out-file stats.tsv

1. "Ouvrir dans le Terminal"
2. Invoke-RestMethod -Uri "https://forgemia.inra.fr/-/snippets/107/raw/main/MiSeq_rename.ps1" | Invoke-Expression
3. Fin.